O sistema de tratamento de efluentes por meio de lodos ativados consiste na remoção biológica dos poluentes por atividade bacteriana, ou seja, os microrganismos são responsáveis pelo tratamento do efluente. O sistema de lodos ativados é atualmente o mais empregado para tratamento biológico de efluentes no mundo, principalmente pela alta eficiência alcançada. Em geral, este tipo de sistema de tratamento é composto por um tanque, sistema de aeração, decantador e sistemas de recirculação e de descarte do lodo. Nos tanques de aeração ocorre a exposição da matéria orgânica para ser degradada pela massa biológica, que na presença de oxigênio, cresce e flocula, esta floculação ou aglutinação biológica permite a separação dos microrganismos em suspensão, do meio líquido, dentro do decantador secundário, proporcionando o seu retorno ao tanque de aeração. A eficiência do sistema de lodos ativados depende, dentre outros fatores, da capacidade de floculação, da biomassa ativa e da composição dos flocos formados. Sendo assim, a investigação microscópica dos flocos e da microfauna presente no lodo é um importante indicador do desempenho e da eficiência do sistema, permitindo uma análise mais rápida das condições depurativas do processo, do que os resultados das análises químicas convencionais. Através dessa análise identificamos problemas na formação dos flocos biológicos, quantificamos e identificamos as bactérias filamentosas e também os protozoários e metazoários presentes. Com esses resultados, auxiliamos na melhoria da operação da ETE, aumentando seu desempenho e contribuindo para uma operação mais controlada e equilibrada.